巴楚县辖4个镇、8个乡：巴楚镇、色力布亚镇、阿瓦提镇、三岔口镇、恰尔巴格乡、多来提巴格乡、阿纳库勒乡、夏马勒乡、阿克萨克马热勒乡、阿拉格尔乡、琼库尔恰克乡、英吾斯塘乡。县境内有下河国有林管理局、夏马勒国有林管理局。县人民政府驻巴楚镇。
巴楚镇
代码：653130100 辖1个村、23个社区：赛克散村，代尔瓦孜阿勒迪社区、布拉克贝希社区、蓝桥社区、飞机场社区、胜利路社区、托帕吾斯塘社区、虹桥社区、人民路社区、工业园区社区、幸福路社区、文化路社区、友谊路社区、幸福园社区、银花路社区、城北路社区、银泰路社区、迎宾路社区、滨河路社区、团结路社区、楚安社区、汉韵社区、军民路社区、汇安社区。
色力布亚镇
代码：653130101 辖20个村、10个社区：诺尔贝希（1）村、喀拉艾肯博依（2）村、英买里（3）村、阿克吾斯塘（4）村、科克力干塔勒（6）村、夏喀勒阿瓦提（7）村、托格拉克（8）村、昆其布隆（9）村、库木萨热依（10）村、帕合米勒克（11）村、阿勒台开斯克（12）村、和美（13）村、拜什吐普（15）村、赛克散塔勒（16）村、博孜艾日克（17）村、英阿瓦提（18）村、克亚克力克（19）村、库热木托格拉克（20）村、尧勒瓦斯阔坦（21）村、科台克力克（22）村，吾斯塘博依（1）社区、库勒贝希（2）社区、英巴扎（3）社区、科瑞克贝希（4）社区、英巴格（5）社区、达恰库勒（6）社区、胡木旦贝希（7）社区、阿依库勒（8）社区、夏勒力克（9）社区、墩买里（10）社区。
阿瓦提镇
代码：653130102 辖20个村、2个社区：喀合夏勒（1）村、克热克尧勒库木（2）村、塔勒克（3）村、温艾日克（4）村、跃进吾斯塘博依（5）村、古勒买里（6）村、巴格齐（7）村、艾里克坎土墁（8）村、达其博依（9）村、阔什吾斯塘（10）村、墩巴格（11）村、夏普勒克（12）村、康萨罕（13）村、亚喀艾日克（14）村、博孜（15）村、库勒博依（16）村、木尼伯提（17）村、英吾斯塘（18）村、阔齐喀尔（19）村、达瓦孜库木（20）村，巴格齐（1）社区、古勒买里（2）社区。
三岔口镇
代码：653130103 辖1个社区：振兴路社区。
恰尔巴格乡
代码：653130200 辖19个村：恰尔巴格（1）村、达里亚博依（2）村、店阿勒迪（3）村、阿勒台买里（4）村、阿热买里（5）村、阿拉格尔（6）村、塔格阿勒迪（7）村、吐格曼买里（8）村、苏祖克（9）村、拍斯吾斯塘（10）村、奥依阔坦（11）村、其盖里克（12）村、科克却勒（13）村、且迪塔格（14）村、阿合库勒（15）村、炮台（16）村、库木加依（17）村、郎喀勒克（18）村、墩买里（19）村。
多来提巴格乡
代码：653130201 辖22个村、1个社区：库木且克勒（1）村、吾塘买里（2）村、开外孜力克（3）村、恰江（4）村、吉格代力克巴格（5）村、库如克铁热克（6）村、喀拉库勒诺（7）村、夏普吐勒（8）村、阿亚克喀拉库勒（9）村、克其克托帕（10）村、托帕（11）村、阿亚克诺（12）村、硝迪盖托格拉克（13）村、欧吐拉吾斯塘（14）村、叶坎买里斯（15）村、塔格吾斯塘（16）村、玛依仓（17）村、阿曼托格拉克（18）村、色尔古奴什（19）村、欧格拉克其（20）村、卡扎尼塔皮提（21）村、牧场（22）村，和谐社区。
阿纳库勒乡
代码：653130202 辖15个村、2个社区：阿拉格尔且克（1）村、墩买里（2）村、阿恰勒（3）村、库木博古孜（4）村、曲许尔盖（5）村、结然塔拉（6）村、博孜买里（7）村、诺尔贝希（8）村、拜什吐普（9）村、果勒买里（10）村、昆其买里（11）村、开勒坪博孜（12）村、胡木旦贝希（13）村、塔拉硝尔（14）村、园艺（15）村，阿纳尔巴格社区、其浪里克社区。
夏马勒乡
代码：653130203 辖14个村：喀什噶尔胡杨（1）村、夏马勒（2）村、古勒巴格（3）村、英吾斯塘（4）村、吾斯塘贝希（5）村、阿克库勒（6）村、铁热克（7）村、其汗宰（8）村、盖买（9）村、奇特（10）村、巴河湾（11）村、牧场（12）村、新风（13）村、奋进（14）村。
阿克萨克马热勒乡
代码：653130204 辖21个村：喀马勒克（1）村、陈老七（2）村、塘巴扎（3）村、阿克库木（4）村、其乃库勒（5）村、吉格代库勒（6）村、古再（7）村、喀塔尔墩（8）村、亚松迪（9）村、恰尔阿勒迪（10）村、乌塘（11）村、博尔其墩（12）村、阿克萨克马热勒（13）村、库木库勒（14）村、吐孜鲁克喀什（15）村、克其勒克（16）村、艾孜克松迪（17）村、英也尔（18）村、苏盖提勒克（19）村、库曲买贝希（20）村、团结（21）村。
阿拉格尔乡
代码：653130205 辖20个村：孜瓦塔勒（1）村、温尧勒（2）村、阔纳乌堂（3）村、阔纳色日克布亚（4）村、荒地（5）村、阿瓦提（6）村、阿克央塔克（7）村、萨干吾斯塘（8）村、其干布拉克（9）村、喀拉艾肯（10）村、阿克阔纳克勒克（11）村、托什坎却勒（12）村、博孜吐格（13）村、喀勒塔亚依拉克（14）村、阿克库勒（15）村、阔纳买里（16）村、依其央（17）村、墩阔坦（18）村、翁阔坦（19）村、阔太格勒克（20）村。
琼库尔恰克乡
代码：653130206 辖26个村：玉祖木吕克巴格（1）村、苏外提其买里（2）村、阔纳琼库恰克（3）村、巴扎（4）村、格什勒克（5）村、吐格曼贝希（6）村、英巴扎（8）村、塔勒克（9）村、明哈达（10）村、结然帕塔（12）村、赛克散库足克（13）村、巴格托格拉克（14）村、阿克托格拉克（16）村、克孜勒库木（17）村、吾斯塘博依（18）村、且克且克（19）村、玉吉米力克（20）村、塔什郎托格拉克（22）村、希庞（24）村、元宝勒克（25）村、木尕勒（26）村、古勒巴格（27）村、小康（28）村、温阿勒台库什（29）村、铁日木（30）村、其乃巴格（31）村。
英吾斯塘乡
代码：653130207 辖20个村：加格达（1）村、其盖库都克（2）村、库木奇库勒（3）村、且迪尔（4）村、协开尔巴格（5）村、再库勒（6）村、铁热克力克（7）村、阔纳巴扎（8）村、奥尔曼（9）村、阿特恰帕尔（10）村、和谐（11）村、库木库勒（12）村、英吾斯塘（13）村、格什勒克吾斯塘（14）村、拜什塔木（15）村、尤木拉克却勒（16）村、喀拉玉吉买（17）村、阿克墩（18）村、也台买里（19）村、巴什乌堂（20）村。
