巴楚自然资源十分丰富，叶尔羌河纵贯巴楚县340公里，有独具特色的原始胡杨林316万亩，百药之王的甘草118万亩、罗布麻87万亩。现年产野生巴楚蘑菇15吨，罗布麻茶500吨。此外还有大芸、枸杞、沙棘等120多个种类的药用植物分布广泛，具有十分广阔的开发潜力。素有“巴楚四宝”之称的巴楚留香瓜、巴尔楚克羊、巴楚蘑菇、罗布麻等巴楚独有的特色农产品，已具有较高的市场知名度和认可度。巴楚石油、天然气、矾、钛、铁、萤石、花岗石、岩盐、铅、玛瑙、紫晶石、金刚石、石膏等矿产资源也极为丰富，其中钒钛磁铁矿、花岗岩已探明储量均在2亿吨以上。
